Enrico Bernardi nasce a Verona il 20 maggio 1841 da Lauro Bernardi e Carlotta Bianchi. Frequenta la Regia Scuola Elementare Maschile, proseguendo gli studi al Ginnasio Municipale di Verona fino al 1856. Dal 1856 al 1859 prosegue gli studi in forma privata e consegue l’attestato di idoneità ad intraprendere gli studi universitari, seguirà gli studi Matematici nella I.R. di Padova dove conseguirà la Laurea di Dottore in matematica nel 1863. Diventa assistente alle cattedre di geodesia, idrometria, meccanica razionale e fisica all’Università di Padova.